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Technique et Science Informatiques

0752-4072
Revue des sciences et technologies de l'information
 

 ARTICLE VOL 26/1-2 - 2007  - pp.197-216  - doi:10.3166/tsi.26.197-216
TITRE
Classification des modes élémentaires

RÉSUMÉ
L'analyse des voies métaboliques est une étape essentielle pour étudier les comportements d'un réseau métabolique. Une approche théorique par les modes élémentaires permet d'analyser les propriétés du réseau. Leur recherche dans un réseau métabolique est souvent caractérisée par une explosion combinatoire de leur nombre. Nous avons appliqué ce formalisme à trois réseaux métaboliques : le réseau mitochondrial énergétique du muscle, du foie et de la levure. Nous avons ensuite construit une méthode de classification des modes élémentaires afin d'analyser les résultats obtenus. Cette méthode basée sur l'agglomération de motifs communs nous permet d'interpréter de grands ensembles de modes élémentaires, de retrouver les fonctions biologiques partagées par ces groupes et de mettre en évidence des liens entre les réactions.


ABSTRACT
Metabolic pathway analysis is essential to study the behaviour of metabolic network. Theorical approaches as elementary flux modes allow the network properties to be studied. However, when the network is complex, determination of elementary flux modes lead to combinatorial explosion. To deal with this problem we have developed a method based on agglomeration of common patterns for classifying the elementary modes obtained. This method was applied to three metabolic networks : mitochondrial energetic metabolism of muscle, liver and yeast. This helps one to give biological meaning to the different modes and the relatedness between reactions.


AUTEUR(S)
S. PÉRÈS, Marie BEURTON-AIMAR, Jean-Pierre MAZAT

Reçu le 5 octobre 2005.    Accepté le 18 mai 2006.

MOTS-CLÉS
analyse de voies métaboliques, modes élémentaires, algorithme agglomératif par motifs communs, métabolisme énergétique mitochondrial.

KEYWORDS
metabolic pathway analysis, elementary flux modes, agglomerative algorithm per common patterns, energetic mitochondrial metabolism.

LANGUE DE L'ARTICLE
Français

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