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Technique et Science Informatiques

0752-4072
Revue des sciences et technologies de l'information
 

 ARTICLE VOL 26/1-2 - 2007  - pp.11-45  - doi:10.3166/tsi.26.11-45
TITRE
Analyse qualitative de la dynamique de réseaux de régulation génique par des modèles linéaires par morceaux

RÉSUMÉ
Nous présentons dans cette revue une méthode de modélisation et de simulation qualitative de réseaux de régulation génique, bien adaptée au manque actuel de données biologiques quantitatives et précises. Cette méthode est basée sur une classe d'équations différentielles linéaires par morceaux (LPM) possédant des propriétés mathématiques favorables. Nous décrivons quelques résultats de base concernant la dynamique de systèmes LPM, introduisons une abstraction discrète sur laquelle repose la méthode de simulation qualitative et illustrons notre approche avec une application concernant la réponse au stress nutritionnel de la bactérie Escherichia coli. In this review we discuss a method for the qualitative modeling and simulation of genetic regulatory networks which is well-adapted to the current lack of precise and quantitative biological data. The method is based on a class of piecewise-linear (PL) differential equation models with favorable mathematical properties. We review some basic results concerning the dynamics of PL systems, describe a discrete abstraction underlying the qualitative simulation method, and illustrate our approach by means of an application in the context of the nutritional stress response in the bacterium Escherichia coli.


AUTEUR(S)
Grégory BATT, Hidde DE JONG, J. GEISELMANN, Jean-Luc GOUZÉ, Michel PAGE, D. ROPERS, Sari TEWFIK, Dominique SCHNEIDER

Reçu le 5 octobre 2006.    Accepté le 18 mai 2006.

MOTS-CLÉS
réseaux de régulation génique, modélisation et simulation qualitative, équations différentielles linéaires par morceaux, réponse au stress nutritionnel, Escherichia coli.

KEYWORDS
genetic regulatory networks, qualitative modeling and simulation, piecewise-linear differential equations, nutritional stress response, Escherichia coli.

LANGUE DE L'ARTICLE
Français

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