Des outils informatiques sont nécessaires au développement de la biologie systémique pour explorer les propriétés comportementales de réseaux d’interaction dans un contexte de connaissances incomplètes et qualitatives. Nous proposons ici une approche par contraintes (programmation logique par contraintes) utilisée conjointement à un formalisme d’abstraction discrète de dynamique de réseaux d’interaction (les réseaux de Thomas-Snoussi étendus par H. de Jong, 2004) afin d’aider le biologiste dans son travail de modélisation de données qualitatives et de conception d’expériences. Nous illustrons cette approche à l’aide de deux applications à des systèmes biologiques.
Computer tools are needed in systems biology to explore the behavioral properties of interaction networks in a context of incomplete and qualitative knowledge. We propose here an approach based on Logic Constraint Programming (CLP), which is combined with a discrete abstraction of the dynamics of interaction networks (namely the Thomas-Snoussi formalism, extended by H. de Jong, 2004) in order to assist the biologist in his work of qualitative data modeling and experiment design. Then we illustrate the flexibility of the approach with two biological applications.
F.CORBLIN, E.FANCHON, L.TRILLING
Reçu le 17 octobre 2005.
Accepté le 5 juin 2006.
programmation logique avec contraintes, inférence, simulation, réseaux biologiques, réseaux logiques multivalués asynchrones, abstraction discrète.
constraint logic programming, inference, simulation, biological networks, multivalued asynchronous logical networks, discrete abstraction.
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