“Model Checking” symbolique de réseaux biochimiques
Le "model checking" est une méthode automatique permettant de décider si un circuit ou un programme, exprimé comme un système de transition concurrent, satisfait un ensemble de propriétés exprimées dans une logique temporelle telle que CTL. Dans ce papier nous montrons que l'utilisation du "model checking" symbolique apporte des avantages par rapport à la simulation pour interroger et valider des modèles formels de processus biologiques. Nous présentons nos expériences d'utilisation du "model checker" symbolique NuSMV et du "model checker" avec contraintes DMC pour modéliser et interroger deux processus biologiques : un modèle qualitatif du contrôle du cycle cellulaire des mammifères d'après les diagrammes de Kohn, et un modèle qualitatif sur la régulation de l'expression des gènes.
Model checking is an automatic method for deciding if a circuit or a program, expressed as a concurrent transition system, satisfies a set of properties expressed in a temporal logic such as CTL. In this paper we argue that symbolic model checking is feasible in systems biology and that it shows some advantages over simulation for querying and validating formal models of biological processes. We report our experiments on using the symbolic model checker NuSMV and the constraint-based model checker DMC, for the modeling and querying of two biological processes: a qualitative model of the mammalian cell cycle control after Kohn's diagrams, and a quantitative model of gene expression regulation.
“model checking” symbolique, biologie moléculaire, cycle cellulaire.
symbolic model checking, molecular biology, cell cycle.
Français
|
